A rendszerváltást követően lehetőség nyílt a Cseh-erdő területén a határon átnyúló együttműködés kialakítására, ami Csehország schengeni övezethez való csatlakozásával még intenzívebbé vált. Az erdőgazdálkodás és a turisztikai menedzsment összehangolásában az érintett két nemzeti park (a Šumava National Park és a Bavarian Forest National Park) élen jár. Az együttműködésüknek köszönhetően közös információs központot hoztak létre Bučina (gyalogos és kerékpáros) határátkelési pontnál, közösen mérték fel a két nemzeti park Natura2000-es területeit, határon átnyúló túraútvonalakat alakítottak ki, valamint harmonizálták és kétnyelvűsítették a multimédiás és nyomtatott információs anyagokat. A sikeres együttműködésére a nemzetközi közönség is felfigyelt, ezért a két nemzeti park munkáját 2009-ben és 2015-ben határon átnyúló tanúsítvánnyal jutalmazták.
A közös erdőgazdálkodás megteremtése érdekében 2019-ben egy újabb sikeres projektet valósítottak meg. Ennek keretében a határzóna területén egy 10 hektáros terület lett kijelölve, amelyen LIDAR-os terepfelmérést végeztek el. A tevékenység célja az erdő szerkezetének és állományának hosszú távú monitorozása, és a természeti értékek összehangolt védelmének és kezelésének elősegítése. Az így létrehozott egységes vegetációs térkép a további együttműködés és a várható stratégiai dokumentumok alapjául fog szolgálni.